封口后的罐或(瓶)经输送带的传送，进入隧道式巴氏杀菌机的内部。在巴氏杀菌机中的各个温度区域内，产品的温度受到精细的调节。当通过隧道时，容器受到不同温度水的喷淋，也就是预热阶段、加热阶段（杀菌阶段）、和冷却阶段。杀菌机前端的逐步加热和后端的逐步冷却是非常重要的。这样，既可以避免过热而造成的口味损失，又能够防止容器热应力的突变而产生的碎瓶。在隧道式巴氏杀菌机中，我公司一般可以采用喷淋嘴系统（安装一个大型的喷淋嘴，热水通过这个喷淋嘴喷淋到容器上），不同温度持着一定按工艺要求的不同时间后，又通过网式输送带送出至输送线上。不同的产品杀菌温度是不一样的，设备的温度是可以任意设定的，自动控制，保持恒定温度，自动记录。